Sektor kehutanan telah berkembang seiring dengan pola dan dinamika interaksi manusia dengan alam lingkungannya. Masalah-masalah ekstraksi, pemanfaatan lestari dan isu-isu konservasi merupakan hal-hal dominan yang harus terus dicari solusinya melalui pengembangan dan aplikasi ilmu dan pengetahuan kehutanan. Kehadiran Universitas Mulawarman 55 tahun yang lalu (27 September 1962) sebagai universitas negeri pertama di Provinsi Kalimantan Timur, tidak lepas dari fakta melimpahnya sumberdaya alam di provinsi ini sehingga tiga dari empat fakultas yang membentuk UNMUL pada saat itu berorientasi pada kekuatan potensi sumberdaya alam Kalimantan Timur; pertanian, kehutanan dan pertambangan. Di provinsi ini terhampar kawasan hutan tropis lembap dataran rendah yang memiliki potensi keanekaragaman hayati. Dengan kondisi biofisik alam tersebut, Universitas Mulawarman telah menetapkan "Hutan Hujan Tropis dan Lingkungannya" sebagai Pola Ilmiah Pokok yang menjadi penciri dan menentukan karakter pendidikan tinggi yang ditawarkan. Fakultas Kehutanan Universitas Mulawarman melalui Magister Kehutanan adalah unit penyelenggara pendidikan yang diharapkan dapat berperan dalam mengimplementasikan Pola Ilmiah Pokok Universitas Mulawarman tersebut ke dalam tridharma pendidikan tinggi; pengajaran, penelitian dan pengabdian pada masyarakat. Pendidikan kehutanan jenjang master menjadi sangat penting untuk menjembatani kebutuhan sumberdaya manusia yang terampil dan memiliki pengetahuan dalam pengelolaan hutan yang adaptif. Dalam konteks ini, peran program studi magister kehutanan sangat strategis dalam menyusun kurikulum dan menyelenggarakan pendidikan ilmu kehutanan yang dapat mengekplorasi keunikan lansekap dan ekologi hutan tropis lembab Borneo.
Program studi monodisiplin jenjang pendidikan magister yang berada di bawah pengelolaan Fakultas Kehutanan Universitas Mulawarman ini telah berdiri sejak tahun 1993 berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Pendidikan Tinggi No. 103/DIKTI/Kep/1993 pada 27 Februari 1993. Sempat berada di bawah pengelolaan Program Pascasarjana Universitas Mulawarman, namun sejak dikeluarkannya Peraturan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi No. 9 Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja Universitas Mulawarman, pengelolaan program studi magister kehutanan (PS-KPM) saat ini berada di bawah Fakultas Kehutanan Universitas Mulawarman. PS-KPM telah berkembang cepat, khususnya pada 15 tahun pertama, hal ini karena adanya kebutuhan yang tinggi terhadap pendidikan magister bagi lulusan sarjana kehutanan khususnya yang telah bekerja di berbagai sektor di Provinsi Kalimantan Timur, baik pemerintahan, swasta maupun filantropi. Bidang keahlian dan keilmuan dosen PS-KPM tersebar merata pada minat studi Pengelolaan Hutan, Silvikultur Tropika, Konservasi Sumber Daya Alam dan Ekowisata, dan Teknologi Hasil Hutan. Dosen-dosen memiliki kualifikasi pendidikan yang sangat baik sehingga menjadi pendorong bagi mahasiswa untuk studi lanjut, terutama bagi mahasiswa yang berasal dari luar Kalimantan Timur, seperti Kalimantan Selatan, Kalimantan Tengah, Sulawesi Tengah dan Papua. Gelar yang diraih setelah menempuh pendidikan ini adalah Magister Kehutanan (M.Hut). PS-KPM telah membuka program Magister Berbasis Riset sejak tahun 2022.